《分子模拟》(Tripos.Sybyl)v7.3 For UNiX[Bin]

资源分类：: 软件/应用软件
发布者：: stnwolg
发布时间：: 2007-04-30 19:27
最新更新时间：: 2007-05-01 00:03
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中文名称：分子模拟
英文名称：Tripos.Sybyl
资源类型：Bin
版本：v7.3 For UNiX
发行时间：2007年04月25日
制作发行：Tripos
地区：美国
语言：英语
简介：
转帖：TLF
未通过安全和安装测试，使用后果自负与本论坛和我本人无关
软件版权归原作者及原软件公司所有，如果你喜欢，请购买正版软件

SYBYL完全的结合计算化学和分子模拟的环境，提供了解分子结构和性质的基量，特别指的是新的化学实体的性质。

基本操作平台（包括开发平台)
基于配体的药物设计（药效团概念、QSAR和ADME）
药物设计（虚拟筛选和de novo设计）
组合化学（化学库设计和分子多样性）
结构生物学（大分子模拟和同源模建）
信息学（生物信息学和化学信息学）
NMR相关模块

基本操作平台（包括开发平台）

SYBYL/BASE Tripos软件基本运行平台，包括分子构建、结构显示、分子力学计算。文件输入/输出等基本功能。
Advanced Computation 分子三维构象的搜索、分析工具, 帮助寻找分子最低能量构象
MM4 全新的分子力场
MMFF94 新增加的一个分子力场，其参数都是通过从头计算结构拟合而来。
MOLCAD 分子表面性质的计算和显示。
AMPAC 采用半经验的量化计算方法预测分子的三维结构和电荷分布属性。
MOPAC 半经验量化计算。
Dynamics 分子动力学计算。
SPL（Sybyl Programming Language）语言种脚本语言，类似于unix的shell脚本，具有很强的可读性。充分利用sybyl软件命令和参数，加入简
单的选择语句和循环语句，用户便能更简便、更自由且自动地完成Sybyl软件的功能。SPL最常见的用
途是编写一个很短的程序, 即可快速地完成大量的重复的工作, 使用户从枯燥的工作中解脱出来，达
到事半功倍的效果。使用SPL语言编写的脚本程序可以非常方便的和他人共享。 SYBYL软件包中也提供
了一些SPL编写的脚本。
SLN（Sybyl Line Notation）语言以文本字符串的方式来记录化合物的各种数据信息。比如：化合物的注册序列号、名字、不确定的原
子基团或片断，特定的子结构查询等SLN 主要以原子、化学键、支链、环和属性来描述化合物。

基于配体的药物设计(药效团概念,QSAR 和 ADME)

QSAR with CoMFA 定量构效关系研究工具集，可用于先导化合物的结构修饰及改造。
Advanced CoMFA CoMFA模块的扩展功能，包括了几种特殊分子场及QSAR 扩展工具。
VolSurf 预测化合物的吸收、分布、代谢、排泄（ADME）等性质。
HQSAR 全息定量构效关系研究方法，在没有分子的三维结构信息的情况下自动建立高预测能力的QSAR模型。
Distill 根据相同的子结构对一组化合物进行分类，显示可视的SARs。
ALMOND 用来产生GRid INdependent Descriptors(GRIND)，用于3D-QSAR。
DISCOtech 进行活性官能团预测，即通过分析一系列化合物的可能构象进而推测它们共有的可能的药效基团。
Tuplets 不需要三维结构模型的基于药效团的数据库筛选工具。
GASP 采用遗传算法的受体活性位点的预测。
Molconn-Z 用于计算基于分子拓扑结构的QSAR描述符。
RECEPTOR 利用官能团间距离作为限制条件，寻找药效基团的共有结构。
ClogP/CMR 计算分子的脂水分配系数及分子摩尔折射,用于QSAR。
hint! 分析疏水性、疏水相互作用，可用于CoMFA分析。
ZAP 计算和显示分子的静电势，用于QSAR。

药物设计（虚拟筛选和de novo设计）
FlexX 快速精确地将配体与蛋白质活性位点进行柔性对接计算，用于虚拟筛选。
FlexX-Pharm FlexX的增强性的模块，能够让FlexX进行以药效团为核心加以空间限制的对接。
FlexE 对接计算中考虑蛋白质的结构柔性与状态变化。
FlexS 基于分子形状的分子迭合和筛选工具。
CombiFlexX 运用组合化学的方法产生类似分子并自动进行对接，以减少需要合成的化合物的数量。
CScore 提供了评价配体-受体之间相互作用的多种方法，用于对接结果的一致性评价。
LeapFrog 利用已知的受体蛋白质结构或QSAR模型进行de novo 配体设计，并可用于优化先导化合物。
RACHEL 先导化合物的经典优化工具。

组合化学（化学库设计和分子多样性）
CombiLibMaker 建立和存储虚拟组合库，包括了化合物的三维结构，还能在实验前对关注的化合物进行计算。
OptDesign 设计和编辑组合库，选择的化合物考虑到了合成、购买等实际条件的约束条件。
Selector 通过分析化合物数据库中分子的多样性信息，降低数据库中化合物的数量。
DiverseSolutions 分子多样性分析工具，可以用于分子数据库的比较、合并、补集生成，也可以通过已知活性
化合物选择库中化合物。
ChemEnlighten 适用于各种大小型数据集的分析环境，可以访问大型数据表格，进行分析并生成分析报告。
CONCORD 将化合物的二维结构转化为三维结构的通用工具，已成为行业标准之一。
StereoPLex 将含有手性碳原子分子的二维结构转化为三维结构，生成一系列的光学异构体，扩展化合物
的异构数据库。

结构生物学（大分子模拟和同源模建)
Biopolymer 研究生物大分子（蛋白质、核酸、糖）的基础工具，提供生物大分子的力场参数。
MatchMaker 基于"inverse folding"方法，预测蛋白质的三维结构。
SiteID 生物大分子结合位点的分析和可视化的工具。
Composer 蛋白质三维结构的同源模建。
ProTable 对蛋白质的立体结构和性质进行合理的分析和评价。

信息学（生物信息学和化学信息学）

GeneFold 通过氨基酸序列结合同源信息与threading方法预测蛋白质的结构和功能。
FUGUE 剑桥大学开发的同源模建工具，在同源性低的情况下也能够帮助找到良好的蛋白模板。
Unity 化学数据库的搜索、分析、管理系统。搜索方法包括二维子结构搜索，相似度搜索，基于药
效团的搜索等等。
AUSPYX 基于Oracle数据库，存储和直接搜寻化合物结构以及相关数据。
HiVol 对大量数据进行高通量的虚拟筛选。

NMR相关模块

TRIAD NMR数据分析的基本平台。对多维的NMR数据进行分析，处理和虚拟显示的
MARDIGRAS NMR 中二维的NOE数据分析模块。
DYANA 根据NMR测量数据快速正确的计算出蛋白质和核酸的三维结构。

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